史懷哲的著作不僅多元且具有專業性，共計有『尤金．孟許』（1898）、『康德的宗教哲學』（1899）、『根據十九世紀科學研究和歷史記載對最後晚餐問題的考證』（1901）、『耶穌的救世與受難的秘密--耶穌生平的素描』（1901）、『巴赫論』（1905法文版；1908德文版）、『耶穌生平研究史』（1906）、『德法兩國管風琴的製造與演奏風琴的技巧』（1906）、『原始森林的邊緣』（1921）、『文明的哲學：文化的沒落與再建＆文化與倫理』（1923）、『使徒聖保羅的神秘』（1930）、『我的生活和思想』（1931）、『非洲雜記』（1938）、『培利干的生活與感想』（1951）等。
二、關於『巴赫傳』
1.寫作經過與出版由來
記載在史懷哲『巴赫傳』書中的一段話說到：「中世紀選修文學與音樂的人士，不論它們選擇哪一條路，其終點必到達巴赫」，這足以突顯Bach這條小河（德文中Bach原為小河之意），已不是小河，而是大海。樂聖貝多芬曾說：『他不是小河，應該是大海』）。
史懷哲在解讀巴赫聖樂上有獨到的一面，也是全世界音樂學者公認寫得最好的『巴赫傳記』。樂壇上有一種流傳甚廣的說法：「沒有讀過史懷哲『巴赫論』的人，無法成為巴赫音樂成功的演奏者」。由此可見，『巴赫論』在史懷哲畢生各類的著作中佔有重要且特殊的地位。
一九○三到一九○四年，史懷哲將所有的空暇時間都給了巴赫，為的是要寫『巴赫論』這本書。寫的對象是給法國人看，而不是德國人；這位曾擔任過德國萊比錫聖湯姆斯教堂（St.Thomas）唱詩班指揮大師的巴赫，在法國卻還沒有人知道。畢竟德國才是研究巴赫音樂的大本營，法國不是。
寫作的過程實在是一件不容易的事，史懷哲得一面用德文講道，一面還得用法文寫書，向來以德語為母語的史懷哲，終於在一九○五年秋天完成法國版的『巴赫論』，書名獻給居住在巴黎的大伯母史懷哲．馬蒂德太太（這是為了答謝她在一八九三年設法引見魏多教授，並在她好客家裡得以常常與魏多教授在一起）。該書原名『詩樂並茂的巴赫』（J.S.Bach, le musicien-poete），由法國巴黎Costallat公司出版，以及德國萊比錫Breikopf und Hartel出版公司於一九○八出版，共計四百五十頁。這時史懷哲正值三十三歲。
當時魏多先生就曾在史懷哲面前提到，有關法文記述巴赫的書都偏屬於傳記性質。且當時在法國只有巴赫的自傳，沒有介紹他的音樂特質方面的藝術作品。雖然史懷哲之前對音樂歷史與理論都不曾做過專門研究，同時寫該書的動機也只是純粹答應魏多教授為巴黎音樂院學生撰寫有關巴赫的音樂藝術的文章，來填補法國音樂藝術不足而已。但由於先前研習過巴赫的音樂，又曾在聖威廉教堂擔任過管風琴師，在理論上和實際上都頗有心得，因此鼓起勇氣，順其自然地寫下去。當時史懷哲寫書的計劃不是在發掘巴赫和他那個時代新的歷史資料，只想嘗試和其他音樂家一樣談巴赫而已。因此決定將此書的主題來討論以前很少人提及的地方。譬如說，解釋巴赫音樂的真正特質，以及討論正確的演奏方法。所以該書的傳記性與歷史性事物只是成為小引，而不是書中最主要的主題。
由於史懷哲是德裔法國人，想把當初法文版的『巴赫傳』重新整理原有資料，翻寫成比法文更好的德文本。德文版的『巴赫論』（J.S.Bach），終於在研習醫學、準備演講、傳道、旅行、音樂演奏等活動中撰寫完成。從原有的四百五十五頁增加至八百四十四頁，於一九○八年在萊比錫Breikopf und Hartel出版公司出版。這是史懷哲繼完成『歷史上耶穌的研究』一書後的另一領域書籍。後來英譯本於一九一一年分兩冊出版，由萊比錫Breikopf und Hartel公司出版；一九二三年該書在英國的版權由倫敦A.& C. Black出版公司取得。魏多教授在『巴赫論』書中序文的末段這樣寫著：「我們兩人因共同驚嘆、共同尊敬、共同理解織物而結合在一起。」魏多教授也因史懷哲的緣故，更深刻地認識巴赫。
另外與史懷哲具有相當關係的就屬巴赫協會（Bach Gesellschaft），這個協會的成立正好是在巴赫去世一個世紀之後；同時他的作品大多為人們忘記的時候所成立的。在十九世紀初Breikopf & Hartel出版公司（這是一五四○年創辦的一家公司，印行音樂圖書為時僅半個世紀）曾編印了一部巴赫的樂譜集，但賣不出去。後來在孟德爾頌領導下，仿照英國人成立的韓德爾學會，於一八五○年創辦了巴赫協會，燃起了一片巴赫復興運動，才得以保存這位大師的作品。從一八五○年至一九○○年間共出版了五十六冊，一九○○年一月二十七日此出版社出版了最後一冊（此尚不包括遺失與掛漏的部分）。其中管風琴作品就佔了十冊左右（約360首）。
十九世紀末因為巴赫全集的出版與史懷哲的『巴赫傳』所造成的廣泛注意與興趣，使音樂界人士明白巴赫的音樂並不單單是學術派和古典派音樂的代表。由於『巴赫傳』中所討論的彈奏風格問題，致使過去傳統演奏方法的人們深感迷惑，也因史懷哲，人們開始尋求一種符合作者風格的演奏方法。
2.史懷哲眼中的巴赫
史懷哲認為：巴赫的音樂是詩，也是繪畫，因為它的主題是從詩的和繪畫的意向而產生。表現詩的繪畫之思考衝動，就是音樂的本質。從這些主題出發，作品發展為一群音的完美建築。（A.Schweitzer, 1990：412-418）
巴赫利用音樂的聲音來描繪事物，他作音樂畫家比作音樂詩人的成分更多。巴赫以“音畫”與“描繪音樂”（德文die Tonmalerei, 英文Tone Painting）手法來表達“象徵”的目的。例如：以“數字”音型來表達哲學性象徵；數字3是指三位一體；連續三連音是指喜樂、流水等。其次他使用“調性”來表達情緒個性。如G大調明亮光輝，＃f小調表悲劇的力量，C大調表朝氣蓬勃。（A.Schweitzer, 1990：384-386）
巴赫能隨心所欲地運用音樂語言，不管是歡欣、疾苦、平安、創痛、信心、魔鬼、天使等等，都可以在他的樂聲中看到和聽到這一切表達詩情畫意微妙思想的動機。音樂能喚起聽眾憑空的幻想，還能將生命賦予構成音樂的感情經驗和幻覺。但是運用音樂聲音作語言的人，必須具備一股神秘的能力，能將思想以超凡的表達方法，明白而確切的表達出來。在這一方面，巴赫是最偉大的。這種藝術充滿了自然的生命，因此依照巴赫音樂的本質來看，如果想要產生這種效果，就必須使演奏方法保持靈活而完滿的柔軟性。由於其音樂結構有如哥德式建築的性質，所以漸強漸弱部分都很合宜，不同於貝多芬以後的音樂乃是依照感情的經驗而來的（A.Schweitzer, 1990：392-396）。
在史懷者筆下巴赫不再是人們心目中冷冰冰的教堂作曲家，而是充滿性靈的音樂家。巴赫的音樂不僅有一個主題，而是有千百個主題。他用宗教的熱情創作他的音樂，卻超越了藝術的領域進入生命的真理。在巴赫的音樂藝術領域裡，他已達到「從心所欲而不踰矩」的境界；在貝多芬的的作品裡，有一種音樂生命的必然性，而在巴赫的作品裡，也有其技巧的必要性。因此每一個研究過巴赫音樂的作曲家，幾乎沒有一個不驚嘆巴赫作曲技巧的完美。但是史懷哲進一步啟示人們，巴赫音樂最偉大的地方不僅在於完美的技巧，而是在於：「巴赫的樂聲，充滿了自然的生命，尤其是從音樂飄出來靈魂，象徵著人間和平的最高境界。」（史懷哲著，趙震譯，176-177）
3.關於如何演奏巴赫作品
演奏技術在史懷哲之前的年代並不被重視。至於新的演奏技術，當然與聽眾的態度有關。從浪漫樂派時期竄出的帕格尼尼（Nicol?Paganini, 1782-1840）到李斯特（Franz Liszt）之種種技術高超的演奏家中就可得知，演奏技術已成了音樂本身。而且假若可能，甚至還要超越先前的技術。身處在這樣時期的史懷哲，又該如何來詮釋離他已一百多年前的巴赫作品呢？史懷哲認為演奏巴赫音樂最重要的一點是：「必須培養一種外在的冷靜態度和一種內在的靈性，使我們能夠把蘊藏於巴赫音樂中靈魂上深奧的東西，化為有生命的東西。」（史懷哲著，趙震譯，177）。
史懷哲對於有人違反作曲者的想法，以太過華麗的方式來詮釋巴赫的作品，表示強烈地反對。他認為巴赫的音樂應該以原來的風貌呈現。何謂原來的風貌？就是依巴洛克時期當時的音色、速度與樂句分節法處理之。不過筆者認為巴赫時期的教堂建築空間、管風琴音色上與材料上的不同，對管風琴聲音的傳播有著很大的影響，這些是現代教堂所沒有的，所以很難在現代的空間裡表達原來的風貌。