一、政府与行业协会的关系问题
政府与行业协会在注册会计师管理方面的职责分工如何界定是个关键问题。一般说来，注册会计师行业的管理包括执业资格认定、行业准入、执业规则制定、业务监管、违规处罚等内容。这些职责在政府和行业自律组织之间的不同分工，以及政府不同的介入方式和介入程度，构成了不同的行业管理体制。对此，存在两种不同的观点：一是行业管理职责交给行业协会行使，政府对行业进行监督和指导；二是政府与行业协会分工监管。
持第一种观点的理由是：第一，符合中央提出的中介服务行业“法律规范、政府监督、行业自我管理”的改革思路。“法律规范”是指将政府与行业协会在行业监管方面的职责以法律的形式加以规定，“政府监督”是指政府对行业的发展负有监督、指导之责，“行业自我管理”是行业的具体管理事务由协会负责。第二，这是目前实际运行的行业管理模式的反映。现行《注册会计师法》虽然规定审批会计师事务所和对注册会计师及事务所的违法处罚由财政部负责，实际上财政部全部委托给协会管理，运转起来也还比较顺畅。第三，有利于加强行业的监管，因为协会与行业联系比较多，对行业情况比较熟悉，制定监管措施更有针对性，同时协会相对于政府机关机制比较灵活，可不受行政编制的限制，能够根据工作需要，吸引一批优秀人才，增加监管人员。第四，国际上也存在这样的管理体制。
持第二种观点的理由是：第一，现行《注册会计师法》就是政府与行业协会分工监管注册会计师行业的模式，只不过财政部将监管权力委托给协会行使。第二，审批会计师事务所属于行业准入，应属于行政权力，不应由协会行使。第三，行业协会减少管理职责，可以更好地为行业提供服务。第四，国际上也存在这种模式。
我认为，上述两种模式都是可行的，在国际上都能找到相对应的模式。在具体确定某种体制模式时需要考虑以下几个问题：第一，无论采取哪种模式，都要符合中国国情、符合国际惯例、符合市场经济发展要求，都要处理好行业利益与社会公众利益的关系。第二，注册会计师行业的监管权限，哪些属于政府行政权力，哪些属于行业管理权限，应由法律规定，法律规定是谁的职责，就是谁的职责，应根据行业发展和公共利益的需要来界定行业协会与政府的职责，而不应倒过来，先划分政府与协会的权力，再考虑行业管理体制模式。第三，采取何种监管模式，不仅要考虑行业改革与发展的情况，还要考虑经济体制改革的方向、政府机构改革的情况以及加入ＷＴＯ的承诺。第四，无论采取何种模式，不能只考虑理论上的可行性，更要考虑实际可操作性。
如果采取第一种模式，行业利益毫无疑问能够得到保障，关键是要保证投资者和公众利益不受损害，这就需要政府的监督职责能够得到有效行使，行业协会的行为能够得到有效的约束和规范。（１）要保证政府能够有效履行监督职责。政府可以从四个方面对行业和行业协会的工作进行监督：第一，政府主持或参与制定有关行业重要的法律法规；第二，政府派人参加协会理事会，代表政府参与行业的重大决策；第三，规定有关行业的重大事项须由行业协会报政府部门备案；第四，规定行业协会定期向政府报告工作。（２）要规范行业协会的组织结构、监管职责和运作方式，协会理事会及相关专业委员会的组成人员必须具有代表性，既要有政府代表，也要有行业内代表，还要有社会独立人士；协会理事会、秘书处和内设部门的职责必须清楚，运作方式必须规范。（３）要防止协会出现重监管、轻服务的倾向。
如果采取第二种模式，则必须合理界定政府与行业协会的监管职责，如果政府的监管职责比较多，政府部门要设立专门的机构来负责，律师行业即采取这种管理体制，司法部机关有两个司级单位负责律师行业的管理，司法考试办公室（正司级）负责全国统一司法考试工作，律师公证司负责律师行业的行政监管，这两个司在司法部都是比较繁忙的司，注册会计师行业的规模并不比律师小，若采取政府与行业协会分工监管的模式，在政府部门内设置专门的管理机构是必要的。同时要防止政府与行业协会的扯皮，不能有利的事争着管，无利的事都不管。
二、地方协会设一级还是两级
按《注册会计师法》的规定，地方只有省一级协会，但《中国注册会计师协会章程》规定省（自治区、直辖市）以下可以设立协会。现在的情况是，有的省的地方协会只设一级，即省级协会，有的地方设两级协会，即省级和地市级协会，地市级协会归地市财政部门管理。从实际情况看，设地市级协会弊端比较多：一是存在地方财政部门的干预，省级协会与地市级协会协调困难；二是绝大部分地市级协会管理的注册会计师和会计师事务所比较少，事情不多，会费收入也比较少，难以维持。所以，中注协下面似只设省一级地方协会比较好。
三、注册会计师和会计师事务所是分开监管还是由一个监管部门统一监管
这个问题存在两种观点：一是分工监管。财政部门负责监管会计师事务所，行业协会负责监管注册会计师。二是统一监管。会计师事务所和注册会计师由一个部门监管。
第一种观点认为，会计师事务所的审批属于政府行政职责，注册会计师的注册可以是行业协会的职责，所以应分开监管。第二种观点认为，注册会计师是在事务所执业，如果注册会计师违规执业，事务所必须要承担责任，师和所是没法分开的，只能由一个部门监管。
我赞同第二种观点。理由是：（１）师和所分开监管，可能会出现监管标准不一，即如果注册会计师和事务所违规执业，对师和所的处罚可能畸轻畸重，或者一个受处罚，另一个不处罚；（２）师和所分开监管，会造成重复监管，加大监管成本，加重注册会计师和事务所的负担。
四、如何应对政府部门的多头监管
现在有权对事务所进行监督检查的部门有财政、审计、工商、税务、证监会、注协等，事务所每年要花很长的时间来应付检查，在一定程度上影响了事务所执业，对这种情况存在两种观点：一是政府部门对注册会计师和事务所的检查应经过财政部门或注协协调。二是政府部门依据不同法律对注册会计师和事务所进行检查不必经过财政部门或注协协调。
我赞同第二种观点，因为不同的政府部门有不同的职责，他们依据不同的法律法规从不同的方面对事务所进行检查是无可非议的，事务所有义务配合，财政部门或注协也无法统一协调。但对于没有法律法规依据的乱检查，事务所有权拒绝。
现在会计师事务所设立审批的程序是，先经省级财政部门批准，再到工商部门核准登记，领取营业执照。律师事务所的设立只需经司法行政部门批准即可营业，不经过工商部门核准登记。因此，对于会计师事务所的设立审批有三种不同的观点：第一种意见认为，会计师事务所的设立应遵循现行办法，即先经过财政部门批准，再到工商部门核准登记并领取营业执照。第二种意见认为，会计师事务所的设立只经过财政部门批准即可，不必到工商部门办理核准登记。第三种意见认为，会计师事务所的设立只经过工商部门核准登记既可，无须经财政部门批准。
我赞同第一种观点。理由是：（１）中国的企业实行法定登记制，无论是合伙企业，还是公司制企业都必须经过工商登记，不经过工商登记，不领取工商部门颁发的营业执照，就不能从事营业性活动；（２）会计师事务所是从事审计等专业服务的中介机构，其业务涉及公众利益，对执业资格有特殊要求，对其执业规范有专门的标准，需要主管部门（财政部门）对其执业资格进行审查把关，并从行业的角度进行监管。财政部门审查和监管的角度与工商部门是不一样的，因此，财政部门的审批不能对抗工商登记，不能以行业监管替代工商部门的监管；（３）有些事务所的业务范围不只限于注册会计师业务，还有大量的非注册会计师业务，如策划咨询业务和培训业务，这些业务超出了财政部门的管辖范围，财政部门对此难以实施有效监管，需要工商部门进行监管；（４）律师事务所不经过工商登记的理由是原来有一种观点认为，律师事务所是非赢利事业单位，不是企业，所以不必经工商登记，这种观点如今已经过时了，注册会计师和律师等中介机构是服务行业的重要组成部分，而且主要是私有性质的机构，其赢利性质自不待言；（５）深圳曾想借鉴香港的经验，对合伙事务所只经过财政部门审批，不经过工商登记，结果行不通。他们在深圳市内执业还行，到深圳市以外的地区执业没有工商部门颁发的营业执照就不行了，后来只好恢复工商登记。香港的合伙制会计师事务所不登记是因为香港属英美法系，合伙制企业只要有合伙合同就行，不要专门登记。我国的法律与香港不一样，在这方面难以借鉴。